Theo Tổng Bí thư Đỗ Mười, nguyên nhân bắt nguồn từ bộ máy quan liêu xa dân, người dân bất bình khiếu kiện không được giải quyết, vi phạm tinh thần dân chủ lắng nghe ý kiến thẳng thắn.[32][41] Phó Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Công Tạn cho biết "phe chính quyền hồi đó sai, cậy quyền".[36] Khi bàn thảo với Tổng Tham mưu trưởng Quân đội nhân dân Việt Nam Phạm Văn Trà, Lê Khả Phiêu nhấn mạnh "do nhân dân bức xúc với cách làm của cán bộ cơ sở nên họ mới có những hành động như vậy chứ không có thế lực nào xúi giục cả", yêu cầu xét xử công khai công chức sai phạm và không đàn áp nhân dân.[59] Bí thư Chi bộ thôn Bồ Trang 1 (thuộc xã Quỳnh Hoa) Vũ Hoàng Tuấn thừa nhận nguyên nhân bắt nguồn từ "thiếu dân chủ trong quản lý – điều hành của chính quyền cơ sở, thực hiện phương châm "Dân biết, dân bàn, dân làm, dân kiểm tra" chưa đầy đủ".[19] Phó Ban Tổ chức Tỉnh ủy Thái Bình Nguyễn Hồng Chương nhận xét "việc đánh giá phân loại tổ chức Đảng ở cơ sở tiến hành chưa chặt chẽ, thiếu nghiêm túc, nể nang, né tránh, dĩ hòa vi quý. Nhiều xã kinh tế chậm phát triển, cán bộ vi phạm khuyết điểm, thiếu sót, nội bộ thiếu đoàn kết, nhất trí, nhân dân khiếu kiện nhiều, nhưng khi xếp loại vẫn đạt danh hiệu trong sạch, vững mạnh".[48] Chính khách Hữu Thọ khẳng định nguyên nhân do sai phạm quyền hạn thu hồi – đấu thầu đất đai, tham nhũng và sử dụng ngân sách lãng phí, lạm thu đóng góp của người dân (có nơi chiếm tới 37–40% thu nhập nông nghiệp), hiện tượng một số công chức áp bức người dân và bao che cho nhau (chủ nghĩa thân hữu)".[18] Tổng Bí thư (đương nhiệm) Nguyễn Phú Trọng cho rằng giai đoạn 1997–1999 "do thiếu minh bạch trong sử dụng ngân sách đầu tư cơ sở hạ tầng "điện, đường, trường, trạm" tại một số địa phương nên Thái Bình trở thành điểm nóng về mất ổn định chính trị".[60]

Chủ tịch Ủy ban nhân dân xã An Ninh Đỗ Văn Nam thừa nhận thực trạng khi đó "lạm dụng thu chi, thiếu dân chủ" và "đơn khiếu kiện không được trả lời thỏa đáng và im lặng kéo dài", thanh tra công khai nhưng kết quả không có gì.[31] Báo Thái Bình cho rằng sự kiện xảy ra do "bất cập của cơ chế quản lý cũ cùng với nhận thức hạn chế của đội ngũ cán bộ cơ sở về dân chủ",[61] "huy động quá sức dân và mất dân chủ trong đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng".[62] Theo báo cáo của Trường Đại học Thái Bình, nguyên nhân do vi phạm dân chủ, quản lý tài chính thiếu minh bạch, đặc biệt là trong quá trình xây dựng "điện, đường, trường, trạm".[7] Cựu Phó Trưởng Ban Dân vận Trung ương Đỗ Quang Tuấn — một thành viên thuộc tổ thị sát Thái Bình năm 1997 — nêu nguyên nhân do công chức địa phương tham nhũng, quan liêu, không giải quyết khiếu kiện của người dân, "không có vấn đề địch ở đây".[4] Chương trình Phát triển Liên Hiệp Quốc cho rằng một trong những nguyên nhân gây ra biểu tình do "áp đặt thuế và tài sản tùy tiện".[63] Bùi Sỹ Tiếu khẳng định nguyên nhân do "những vi phạm nghiêm trọng trong quản lý đất đai ở các địa phương" cũng như "xuất phát từ những phong trào mang tính duy ý chí",[64] "tình trạng mất dân chủ ở cơ sở".[43] Tỉnh ủy Thái Bình giai đoạn 1997–1998 tổng kết nguyên nhân do "lạm quyền, vi phạm dân chủ, buông lỏng quản lý công chức, chủ nghĩa thân hữu".[lower-alpha 7][21]